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宏基因組高通量測序(mNGS)——引領病原體微生物檢測新風向
發布者:admin瀏覽次數:發布時間:2020-12-18
感染性疾病是人類的頭號殺手,是導致兒童死亡的第一位的原因。多種多樣的細菌、病毒、真菌、寄生蟲與人類共存于環境中,這些微生物都可能是各種傳染病的致病菌。在人類與病原菌較量的數萬年中,如何快速準確的確定病原的種類,一直以來是臨床研究的重點。病原高通量檢測技術也應運而生?;诤昊蚪M“撒網式”的檢測方法,通過微生物專用數據庫比對和智能化算法分析,全面覆蓋真菌、細菌、病毒、寄生蟲等病原微生物,針對疑似危重或不同感染癥候群,可以快速實現感染性疾病的精確診斷。
 


傳統檢測方法的局限性
微生物鑒定方法分為培養和非培養兩類。臨床公認的金標準是分離培養和生化鑒定,這種方法的操作周期長、失敗率高、陽性率低(<10%),并且不是每種病原體都適用于培養,多種細菌混合的樣本很難分離鑒定,且厭氧菌經常被忽略。以結核分枝桿菌為例,它是引起結核病的病原菌,每年在全球造成1000萬開放性患者。但由于細胞壁中富含脂質,影響營養物質的吸收,結核分枝桿菌的生長緩慢,通常需要4-6周才能確診。
 
相比之下,不依賴培養的方法比如涂片鏡檢、抗體抗原免疫、PCR等方法時效性強,但在準確性上存在較明顯的劣勢,且每個項目只能檢測某一些特定的病原體,檢測數量受到限制。比如鏡檢是通過形態學、染色性等生化性質鑒定微生物,只能進行粗篩,無法細分。而免疫類方法借助熒光、酶聯免疫ELISA、化學發光等方法鑒定微生物,敏感性和特異性較差。
 
宏基因組二代測序技術
病原宏基因組學二代測序(metagenomics Next Generation Sequencing ,簡稱mNGS):一種無需培養,無偏好性,直接提取臨床樣本中DNA/RNA,采用高通量測序技術,經過數據庫比對與生信分析,一次性完成細菌,真菌,病毒和寄生蟲等病原體檢測的技術。且無需特異性擴增,尤其適用于急危重癥和疑難感染的診斷。相對傳統病原微生物檢測方法,mNGS檢測方法具有更快、更準、更全的優勢!



宏基因組病原體微生物檢測
檢測流程
整個檢測流程分為干&濕實驗兩方面,全程質控。濕實驗從收到標本開始,針對不同的樣本類型進行特異處理,提取核酸進行文庫構建,然后上機測序;干實驗包括下機數據的分析,去人源宿主序列,比對病原微生物數據庫,進行種屬鑒定,最后解讀報告。



適用人群
 
1病情危重需要盡快明確病原;
2傳統微生物檢測技術反復陰性且治療效果不佳;
3疑似特殊病原體感染;
4免疫抑制宿主、合并基礎疾病反復住院重癥感染患者;
5疑似新發病原體、臨床上提示可能有一定的傳染性;
6長期發熱和/或伴有其他臨床癥狀、病因不明的感染。
 
檢測范圍
醫臻基因擁有包含15000多種病原體和70GB未知微生物的種級數據庫。采用DA8600基因測序儀,該測序儀采用獨特的半導體測序原理,具有測序時間短(2-4小時),測序成本低(后光學原理),靈活性高(芯片與試劑自由組合)等特點,能夠開展微生物檢測、無創產前基因檢測(NIPT)、染色體檢測、單基因遺傳病檢測、腫瘤靶向用藥檢測。
 
醫臻基因—病原宏基因組檢測技術優勢
醫臻基因mNGS病原檢測對整個流程進行優化:
1不需要離體培養和純化;
2無偏好測序,可檢測未知病原體;
3可檢測耐藥因子和毒力因子;
4同時檢測DNA和RNA;
5可做病原鑒定、分型、耐藥分析;
6覆蓋廣泛,包含細菌、真菌、病毒、原生生物、伊蚊、分歧桿菌、支原體/衣原體、立克次體、螺旋體等;
7高效準確、提供全面分析報告。
 
醫臻基因從樣本質量到數據分析,從操作規范、流程控制、報告規范和質量監督等各個環節建立了嚴格的質控體系。自成立以來,以高度嚴謹的原則,不斷完善和提高檢測服務的質量管理。使用宏基因組測序(mNGS),分析整個微生物組以及患者樣本中的人類宿主基因組或轉錄組,讓致病微生物無所遁形,為患者提供優質可靠的檢測服務。

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